Il effectue son retour sur les courts lors du tournoi de Dubaï. Mais après deux premiers tours difficiles face à Márcos Baghdatís (3-6 6-2 6-3) et face à Igor Andreev (6-2 3-6 7-6), il perd pour la deuxième fois consécutive face à Mikhail Youzhny en deux sets (7-6 6-3).
Il participe ensuite à l'Indian Wells qu'il remporte sans perdre un seul set, en dominant en finale la nouvelle star Serbe Novak Đoković (6-2, 7-5) , après avoir éliminé entre autres son compatriote Juan Carlos Ferrero (6-1, 6-1) en huitième et surtout Andy Roddick (6-3, 6-4) en demi. Il enchaîne la semaine suivante avec Miami où il est battu en quart-de-finale par Đoković sur le score de 6-4, 6-3.
Il gagne quelque temps plus tard le Masters de Monte-Carlo, en battant Roger Federer 6-4, 6-4 sans avoir perdu un seul set de tout le tournoi. Il est ainsi le premier à réaliser le triplé en Principauté depuis Ilie Nastase (1971 à 1973). Au tournoi de Barcelone, il l'emporte face à l'Italien Potito Starace en quart de finale, puis il remporte le tournoi pour la troisième année consécutive contre Guillermo Canas sur le score de 6-3, 6-4 en 1h41. C'est le vingtième titre de sa carriere. Ces résultats lui permettent de prendre la place de Roger Federer en tête du classement Race de l'ATP daté du 30 avril.
Le 2 mai 2007, il remporte un match d'exhibition original sur un terrain recouvert à moitié de terre battue et à moitié de gazon appelé : La bataille des surfaces contre Roger Federer à Palma de Majorque (7-5, 4-6, 7-6).
En battant Nikolaï Davydenko (7-6, 6-7, 6-4) de plus de 3 h 30 en demi-finale du Masters de Rome le 12 mai, Rafael Nadal bat le record détenu par John McEnroe de victoires d'affilée sur une seule surface. L'Américain était resté invaincu 75 matches sur surface rapide en salle entre septembre 1983 et avril 1985. Nadal bat en finale Fernando Gonzalez (6-2, 6-2) en 1 h 24 et devient le premier joueur à s'imposer trois fois de suite au Foro Italico.
La semaine suivante à Hambourg, Nadal est en course pour devenir le premier joueur à remporter la même année les trois Masters Series disputés sur terre battue. Il bat Oscar Hernandez et Igor Andreev. En quart de finale, il bat Fernando Gonzalez (6-4, 6-4). Après un début de match difficile, Nadal l'emporte en 3 sets sur Lleyton Hewitt en demi-finale (2-6, 6-3, 7-5). En finale, il est battu en 3 sets par Roger Federer (6-2, 2-6, 0-6). Il
À Roland-Garros, gagne les premiers tours en battant l'Argentin Juan Martin Del Potro (7-5, 6-3, 6-2), l'Italien Flavio Cipolla (6-2, 6-1, 6-4) et l'Espagnol Albert Montanes (6-1, 6-3, 6-2). Il remporte le match face à Lleyton Hewitt en trois sets : 6-3, 6-1, 7-6 (7-5). Toujours en trois manches, il bat son compatriote, Carlos Moya (6-4, 6-3, 6-0) puis le Serbe Novak Đoković, (7-5, 6-4, 6-2). Il atteint pour la troisième fois consécutive (en trois participations) la finale des Internationaux de France qu'il emporte face au Suisse Roger Federer en quatre sets 6-3, 4-6, 6-3, 6-4 au bout de 3h10 de jeu.
Il participe la semaine suivante au tournoi du Queen's afin de se préparer à Wimbledon. Il remporte les deux premiers tours respectivement face à Juan Martin Del Potro qu'il avait déjà rencontré au premier tour de Roland-Garros (6-4, 6-4) et face au Biélorusse Max Mirnyi dans une recontre remporté 7-6 (7-3), 6-3. Il est battu durant les quarts-de-finale contre le Français Nicolas Mahut en deux sets 7-5, 7-6.
À Wimbledon, il atteint la finale mais s'incline en 5 sets contre Roger Federer (7-6, 4-6, 7-6, 2-6, 6-2). Cette 2ème finale d'affilée à Londres constitue une confirmation des bonnes dispositions de Nadal sur herbe qui contrairement à l'édition 2006, a hérité d'un tableau compliqué : Robin Söderling (battu en 5 jours et autant de sets!), Mikhail Youzhny (encore 5 sets après avoir été mené 2 sets à rien), TomᨠBerdych puis finalement Novak Đoković en demi finale !
Il participe une semaine après au tournoi de Stuttgart qu'il remporte en finale face au Suisse Stanislas Wawrinka (6-4, 7-5) après avoir failli abandonner au second tour du tournoi pour cause d'une douleur au genou. C'est son sixième titre de l'année et le vingt-troisième de sa carrière. Avec 5445 points au classement technique ATP, Nadal atteint provisoirement son meilleur classement depuis ses débuts en tant que professionnel en 2001.
Il enchaîne ensuite avec la tournée américaine, qui débute au Masters du Canada. Après s'être difficilement hissé en demi-finale, il s'incline 7-5, 6-3 face au futur vainqueur de l'épreuve, Novak Djokovic. La semaine suivante, il participe au Masters de Cincinnati mais, mené 7-6 4-1, il abandonne au cours de son premier match face à l'Argentin Juan Monaco pour cause douleurs aux genoux.
Malgré des blessures récurantes (tendinites) et le risque de se blesser très sérieusement, il participe au dernier Grand Chelem de l'année : l'US Open. Il commence le tournoi face à un qualifié, le 123e joueur mondial Alun Jones. En difficulté à cause de ses tendinites, Rafael s'impose difficilement 7-5, 3-6, 6-4, 6-1 en près de trois heures. le deuxième tour est plus simple puisque l'Espagnol tombe sur quelqu'un de plus blessé que lui en la personne de Janko Tipsarevic, qui abandonne après la perte des deux premières manches. Il se qualifie donc pour le troisième tour, où il affronte le Français Jo-Wilfried Tsonga. Après un premier set très disputé remporté 7-3 au tie break par le n°2 mondial, ce dernier surclasse totalement son adversaire et s'impose finalement 7-6, 6-2, 6-1. A ce stade, il semble avoir repris possession de ses moyens et une place en finale n'est plus si improbable. Néanmoins, c'est un de ses compatriotes, David Ferrer, qui mettra un terme à son aventure. En effet, Nadal, grand favori puisque vainqueur de leurs 4 dernières confrontations, remporte d'abord le premier set avec difficulté 7-3 au tie-break. Mais son adversaire ne se laisse pas faire et réussi à remporter au forceps les trois manches suivantes 6-4, 7-6, 6-2. A cause de ces défaites durant une tournée américaine qui ne lui aura pas vraiment souri, Nadal cède sa première place au classement Race au profit de Roger Federer, qui aura fait mieux que l'espagnol dans les trois tournois Américains, puisque le numéro 1 mondial tout en restant en lice pour un 4e succès consécutif à Flushing Meadows s'est imposé à Cincinnati après sa finale perdue à Montreal. Par la suite, Nadal déclare forfait pour plusieurs tournois afin de soigner ses blessures.
Il s'aligne au tournois de Madrid où, exempté de premier en tour en sa qualité de numéro 2 mondial, il attend de jouer Baghdatis. En jouant sur ces terres, Nadal espère mettre fin à la disette qui mine son palmarès et qui dure depuis près de trois mois. Hélas pour lui, insuffisamment remis de blessures, il s'incline lourdement en quart de finale contre l'Argentin David Nalbandian sur le score de 6-1, 6-2.
En novembre, pour sa première participation au Masters de Paris-Bercy, Rafael Nadal fait un bon parcours en éliminant des joueurs tels que Mikhail Youzhny, Stanislas Wawrinka ou Marcos Baghdatis et arrive jusqu'en finale. Il se fait cependant éliminer par l'Argentin David Nalbandian dans un match à sens unique 6-4, 6-0. Rafael Nadal ne fera donc pas le doublé Roland Garros-Bercy comme l'Américain André Agassi en 1999.
Lors de la Masters Cup, Nadal domine difficilement le Français Richard Gasquet en trois manches avant de perdre face à son compatriote et futur finaliste de l'épreuve, David Ferrer. Il remporte néanmoins son dernier match de poule et se qualifie pour les demi-finales. Il est battu par Roger Federer 6-4, 6-1 en 59 minutes après avoir notamment perdu les 13 premiers points du deuxième set.
Nadal reste numéro 2 mondial, mais n'a plus remporté le moindre titre depuis juillet 2007. Cependant, avec un titre à Roland Garros, une finale à Wimbledon et 5 autres titres, la saison 2007 constitue sans conteste la meilleure saison de Rafael Nadal à ce jour. De plus, avec 5735 points au classement technique ATP, jamais l'écart n'a été aussi faible avec le numéro 1 mondial Roger Federer.

